如果员工与公司签订的是合作协议，而不是劳动合同，那么双方之间的关系将是基于合作协议的雇佣关系。合作协议通常涉及双方的权利和义务，以及合作的内容和期限。劳动合同则是明确规定员工与公司之间的权利和义务、工资、福利等方面的文件。
如果您与公司之间签订的是合作协议，那么您需要关注以下几点：
1. 双方的权利和义务：合作协议中应明确规定双方在合作过程中的权利和义务，如双方的责任范围、合作期限、分成比例等。
2. 合同解除和终止：合作协议应明确规定合同解除和终止的条件，以及在解除和终止时双方应承担的责任。
3. 争议解决：合作协议应包含争议解决机制，如协商、调解、仲裁或诉讼。
4. 法律适用：合作协议应注明适用的法律，以便在发生纠纷时可以依据相关法律进行解决。
5. 保密条款：为保护双方的商业秘密，合作协议应包含保密条款，规定合作双方应承担的保密责任。
请注意，尽管合作协议在某些情况下可以替代劳动合同，但在实际操作中，劳动合同仍然是保护劳动者权益的主要法律依据。因此，在签订合作协议之前，请务必咨询专业律师的意见。 该内容由 陈德文律师 和 微办案 共创回答