员工会举报公司，做假工资是违法的，属于诈骗行为，公司会承担刑事责任。会对违法者制作假工资表目的以及造成的后果，追究其责任，让他们承担相应的行政处罚或刑事责任。
如果劳动部门查实，用人单位刻意制造虚假工资表或虚假考勤记录，劳动者实际执行的工时制度以及加班情况进行隐瞒的，应当给予相应的行政处罚。员工做假工资表，单位可以解除劳动合同，如果因此而使单位遭受实际经济损失，还应当赔偿，如果数额特别巨大，可能构成刑事犯罪。
一、公司做假工资员工怎么维权
1、向当地劳动保障监察机构投诉举报；
2、向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，需要注意的是，要在劳动争议发生之日起一年内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请；
3、通过诉讼途径解决。针对劳动纠纷案件，经劳动仲裁后任何一方不服的，可以向提起诉讼；经仲裁后都服从，劳动仲裁裁决生效后，用人单位不执行的，劳动者可申请强制执行；属于劳务欠款类的可直接向提起民事诉讼。
法律依据：
《刑法》
第二百七十一条：
公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役;数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。
《公司法》
第二百零二条
公司在依法向有关主管部门提供的财务会计报告等材料上作虚假记载或者隐瞒重要事实的，由有关主管部门对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处以三万元以上三十万元以下的罚款。
第二百零三条
公司不依照本法规定提取法定公积金的，由县级以上财政部门责令如数补足应当提取的金额，可以对公司处以二十万元以下的罚款。